机械Boss是困难模式下的重要挑战目标，包括机械蠕虫、机械魔眼和机械骷髅王。这三个Boss的召唤方式均需通过特定合成物品实现，且必须在夜晚使用。机械蠕虫召唤物需30个腐肉/脊椎、5个铁锭/铅锭、6个暗影之魂；机械魔眼需要3个晶状体、5个铁锭/铅锭、6个光明之魂；机械骷髅头则需30个骨头、5个铁锭/铅锭、3个光明之魂和3个暗影之魂。所有材料均需在秘银砧或山铜砧上合成，暗影之魂和光明之魂需通过击败地下腐化/神圣之地敌怪获取。
机械Boss的召唤时机需严格遵循游戏进度逻辑。击败肉山后，世界会进入困难模式，地下腐化/神圣之地将刷新对应敌怪以收集魂类材料。若未主动召唤，系统也可能在满足条件时随机触发Boss出现提示，表现为地下传来强烈震动等文本提示。需注意机械骷髅王存在特殊机制，若未在夜晚击败，次日黎明时会进入狂暴状态，攻击力和移动速度大幅提升。因此建议在下午7:30至凌晨4:30的时间段内进行挑战，并提前搭建多层平台作为战斗场地。
战斗装备准备方面，建议至少配备精金/钛金级别盔甲，武器优先选择穿透性攻击类型。对抗机械蠕虫时，代达罗斯风暴弓配合圣箭能有效应对其多节躯体；机械魔眼建议使用魔晶碎块等追踪型武器；机械骷髅王则需备有高攻速近战武器如光辉飞盘。辅助道具需包含十字项链、翅膀类配饰，以及铁皮、再生、耐力等基础药水。场地建设需确保横向移动空间超过300格，垂直高度间隔15-20格设置木质平台。
战术执行阶段需区分Boss特性采取针对性策略。机械蠕虫的头部伤害最高，但身体节段会阻挡远程攻击，建议保持中距离周旋；机械魔眼需优先击破激光眼以降低弹幕密度；机械骷髅王则要注意其手臂与头部的协同攻击，当手臂被摧毁后其头部防御会下降。所有机械Boss进入第二阶段时都会提升攻击频率，应保持移动并利用平台落差规避伤害。击败后必定掉落15-30个神圣锭，这是制作神圣装备的关键材料。
后续发展路径方面，首次击败任意机械Boss会触发以下变化：丛林开始生成生命果，神圣敌怪掉落飞翔之魂，且世纪之花花苞开始在地下丛林生成。当三个机械Boss全部击败后，游戏将进入下一阶段，丛林神庙入口可被开启。需注意机械Boss可以重复召唤，建议积累足够神圣锭制作全套装备后再挑战世纪之花。此阶段还应开始收集叶绿矿，为最终装备升级做准备。
